构筑农产品标准体系、认证体系、检验体系是提高我国农业竞争力和质量水平的根本保障。作为农产品行业组织，商会把推动农产品质量标准体系和食品安全体系建设作为重要工作之一。受商务部和其他政府相关部门委托，商会已经制定或正在制定一大批农、林、土畜产品国家标准或出口操作规范。 

商会与国内外的一些知名实验室、检验机构及科研机构建立了密切的合作关系，并定期邀请国内外专家和国外知名实验室对会员企业进行质量认证、HACCP认证和ISO认证以及发达国家食品卫生安全法律法规的讲座与培训；商会与国内大专院校、科研机构和国外的同行业组织建立了密切的合作关系，就提高大宗出口商品的质量进行专题研究并组织实施。 

商会各商品分会定期组织会员企业研究出口商品质量问题、食品卫生安全问题，从源头抓起，建立与国际接轨的行业食品安全检验体系和药残控制体系，实施行业出口标志、行业推优活动等手段，推动会员企业不断提高出口产品的质量和科技含量，确保出口食品卫生安全。